北海道から本州の中部地方以北に自生していて、本州地方では標高１０００ｍ以上の標高の高い場所に生えている桜です。樹高は０.５〜８ｍと低く、特に山地の尾根に強風によって横に伸びて広がった樹形となった個体が見られます。樹皮には横に伸びた皮目が目立ちます。まだ若い樹皮は紫褐色で光沢がありますが、根本などの年を経た部位は縦に裂け目が生じるなどしてがさがさになってきます。５〜６月ごろ、葉の展開と同時に直径２〜３ｃｍの淡い桃色の花を下向きに咲かせます。７〜８月に熟す果実は黒紫色です。葉身が４〜１０ｃｍの倒卵形で先端が尾状にとがる葉は重鋸歯で鋸歯の先端に腺があります。また蜜腺は葉柄の上部です。[1][2][3][4]

遺伝子解析

 東京大学大学院附属の小石川植物園の初代園長である松村任三が発表した種です。植物の学名にMatsum.と記載されているのはこの松村任三です。タカネザクラの変種としてチシマザクラ（Cerasus nipponica var. kurilensis）があります。タカネザクラは葉の両面、葉柄、花柄、萼筒などが無毛もしくはわずかに毛があるのに対して、チシマザクラはすべてに開出毛が付くという違いがあります。ただし、この特徴は連続性があって、明確に区分けできないそうです。

 国内に自生しているタカネザクラの遺伝子分析によって集団遺伝学的解析を行なったところ、北海道から東北にかけての個体と、本州中部に分布している個体の間に差異があることが分かりました。また、国内自生の南限である本州中部の集団は多様性が低く、近年の気候変動による影響に注視が必要であるとしています。[5]