本種は日本固有種で、本州の主に太平洋側と九州の山地に自生しています。九州での自生地は熊本県八代市東部の石灰岩地のみです。樹高は３〜６ｍほどで、主幹が明確な個体がある一方で、株立ちする個体もあります。他の桜と同様に樹皮は灰褐色で、横に伸びた皮目が見られます。伝統工芸品てある樺細工にこの樹皮を用いたこともあるようですが、主幹の径はそれほど大きくなりません。３〜４月ごろ、葉の展開前か同時に白色または淡紅色の花を１〜３個づつ下向きに咲かせます。花弁は平開するため、萼筒と合わせて横から見ると丁の字に、またスパイスのクローブ（丁子）に似ていることから、その名がついたと言われています。基部が少し膨らむ萼筒、花柱の基部側には開出毛が見られ、萼片には鋸歯があるのが特徴的です。果実は６月に黒く熟しますが、私が食した個体の味は苦味がないものの味の薄いさくらんぼというところでした。果柄にも開出毛が目立ちます。倒卵形な葉の先端は尾状に長く伸び、重鋸歯ですが鋸歯の先には腺がつきます。蜜腺は葉の基部または葉柄に付き、葉柄は毛だらけです。[1][2][3][4]

チョウジザクラ群

 広義でのチョウジザクラ（Cerasus apetala）には、狭義の本種以外に、青森から富山までの日本海側に見られる毛の少ないオクチョウジザクラ（Cerasus apetala var. pilosa）、長野県と岐阜県に自生している鋸歯が鋭く毛の少ないミヤマチョウジザクラ（Cerasus apetala var. apetala）があります。チョウジザクラは一般的に観賞用として植えられることもありませんが、自然雑種や園芸品種が観賞用とされている例があります。